Усилиями ИППО на Ближнем востоке была создана собственная школьная система, которая к 1914 году состояла из более чем 100 школ и двух учительских семинарий. Развитию школьной системы на Ближнем востоке способствовал и генеральный консул в Иерусалиме статский советник Алексей Фёдорович Круглов. Школы ИППО противостояли растворению местных православных общин в окружающей массе иноверного и инославного населения. В них учились дети преимущественно из православных семей, в том числе беднейших, потому что обучение было бесплатным. Первая начальная школа была открыта уже в год создания Общества в селении Муджедиль 6 декабря 1882 года, а чуть позже, 1882—1884 годах, в Галилее были открыты ещё три начальные школы, мужской пансион, впоследствии преобразованный в мужскую учительскую семинарию в Назарете. Руководителем сети Галилейских учебных заведений ИППО на протяжении многих лет был Александр Гаврилович Кезма. Школы Общества испытывали конкуренцию со стороны католических и протестантских учебных заведений, а также противодействие со стороны Иерусалимских Патриархов. Начиная с 1895 года новые школы открывались преимущественно в Сирии, на территории Антиохийского Патриархата. Учителя в школах были светские, и в первые годы часть из них приглашалась из России либо получала образование в России. Позднее для подготовки местных преподавателей были созданы две учительские семинарии, мужская в Назарете и женская в Бейт-Джале (см. Женская учительская семинария), ученики в которых получали полный пансион. В начальных школах преподавался Закон Божий, арабский язык, арифметика, география, история и ремёсла. Кроме того, во многих школах преподавался русский язык, а лучшие ученики продолжали образование в России. Необходимые учебники составлялись и печатались собственными силами, главным образом на арабском языке. Помещения для школ обычно арендовались, но в некоторых случаях и строились.